O perfil de atuação em pesquisa começou a ser delineado em 1986, quando o Conselho Deliberativo aprovou a criação de um Departamento de Pesquisa para assessorar cientificamente as ações da instituição.

Participou ativamente, também em meados da década de 80, da idealização e viabilização de duas grandes campanhas: a Canecc (Campanha Nacional de Prevenção ao Cancro Cítrico) e a Ceprecc (Campanha Estadual de Prevenção ao Cancro Cítrico). No primeiro ano, mais de 10 mil citricultores receberam visita técnica e orientações sobre o manejo eficiente da doença.

A proposta de disseminar conhecimento e contribuir efetivamente para a sanidade dos pomares, garantindo competitividade ao setor, ganhou força em 1985, quando o Fundecitrus lançou seu primeiro jornal e inaugurou sede própria na cidade de Araraquara (SP). Três anos depois, foi responsável pelo primeiro censo citrícola, realizado em parceria com a Secretaria de Estado da Agricultura, com o objetivo de localizar e erradicar focos de cancro cítrico. Sessenta e seis milhões de plantas foram inspecionadas em dois anos.

Na década de 90, o Fundecitrus deu passos importantes rumo à sua consolidação como uma das principais instituições do setor, no Brasil e no exterior. Lançou o Manejo Global na Citricultura, unindo duas tecnologias para manter a sanidade das plantas e reduzir os custos de produção; foi credenciado pelo Ministério da Agricultura para atuar na defesa fitossanitária; absorveu a estrutura da Procitrus (Fundação para o Desenvolvimento da Citricultura no Brasil), numa fusão que garantiu maior agilidade às pesquisas; e foi convidado a estender suas atividades ao estado de Minas Gerais.